L'autorisation est délivrée par l'autorité administrative après examen des risques que présente la mise sur le marché pour la santé publique ou pour l'environnement et après avis du Haut Conseil des biotechnologies. Elle peut être assortie de prescriptions. Elle ne vaut que pour l'usage qu'elle prévoit et, le cas échéant, se limite à un champ géographique qu'elle précise.

Ne peut être autorisée la mise sur le marché de produits composés en tout ou partie d'organismes génétiquement modifiés qui contiennent des gènes codant des facteurs de résistance aux antibiotiques utilisés pour des traitements médicaux ou vétérinaires, pour lesquels l'évaluation des risques conclut qu'ils sont susceptibles d'avoir des effets préjudiciables sur l'environnement ou la santé publique.