Les infractions relevant de la compétence des juridictions mentionnées à l'article 697 sont instruites et jugées selon les règles du présent code sous réserve des dispositions particulières édictées par les articles 698-1 à 698-8.

Toutefois, le procureur de la République compétent en application de l'article 43 a qualité pour accomplir ou faire accomplir les actes nécessités par l'urgence et requérir à cet effet le juge d'instruction de son siège. Les dispositions des articles 698-1 à 698-5 sont alors applicables.

Sans préjudice de l'application de l'article 36, l'action publique est mise en mouvement par le procureur de la République territorialement compétent, qui apprécie la suite à donner aux faits portés à sa connaissance, notamment par la dénonciation du ministre chargé de la défense ou de l'autorité militaire habilitée par lui. A défaut de cette dénonciation, le procureur de la République doit demander préalablement à tout acte de poursuite, sauf en cas de crime ou de délit flagrant, l'avis du ministre chargé de la défense ou de l'autorité militaire habilitée par lui. Hormis le cas d'urgence, cet avis est donné dans le délai d'un mois. L'avis est demandé par tout moyen dont il est fait mention au dossier de la procédure.

La dénonciation ou l'avis figure au dossier de la procédure, à peine de nullité, sauf si cet avis n'a pas été formulé dans le délai précité ou en cas d'urgence.

L'autorité militaire visée au premier alinéa du présent article est habilitée par arrêté du ministre chargé de la défense.

L'action civile en réparation du dommage causé par l'une des infractions mentionnées au premier alinéa de l'article 697-1 appartient à ceux qui ont personnellement souffert du dommage directement causé par l'infraction. Sauf en cas de décès, de mutilation ou d'infirmité permanente, la partie lésée ne peut toutefois mettre l'action publique en mouvement.

Lorsque le procureur de la République, le juge d'instruction et les officiers de police judiciaire sont amenés, soit à constater des infractions dans les établissements militaires, soit à rechercher, en ces mêmes lieux, des personnes ou des objets relatifs à ces infractions, ils doivent adresser à l'autorité militaire des réquisitions tendant à obtenir l'entrée dans ces établissements.

Les réquisitions doivent, sauf nécessité, préciser la nature et les motifs des investigations jugées nécessaires. L'autorité militaire est tenue de s'y soumettre et se fait représenter aux opérations.

Le procureur de la République, le juge d'instruction et les officiers de police judiciaire veillent, en liaison avec le représentant qualifié de l'autorité militaire, au respect des prescriptions relatives au secret militaire. Le représentant de l'autorité militaire est tenu au respect du secret de l'enquête et de l'instruction.

Les supérieurs hiérarchiques doivent satisfaire à la demande des officiers de police judiciaire tendant à mettre à leur disposition un militaire en activité de service, lorsque soit les nécessités de l'enquête, soit l'exécution d'une commission rogatoire ou d'un mandat de justice exigent cette mesure.

Les articles 73 à 77, 93, 94, 137, 302, 307 à 318, 357, 371, 374, 375, 377 et 384 alinéa 3 du Code de justice militaire sont applicables. Conformément à l'article 135 de ce même code, la personne mise en examen, le prévenu ou le condamné militaire doit être détenu dans des locaux séparés.

Par dérogation aux dispositions du titre Ier du livre II, notamment aux articles 240 et 248, premier alinéa, et sous réserve des dispositions de l'article 698-7, la cour d'assises prévue par l'article 697 est composée d'un président et de six assesseurs désignés comme il est dit aux alinéas 2 et 3 de l'article 248 et aux articles 249 à 253.

La cour ainsi composée applique les dispositions du titre Ier du livre II sous les réserves suivantes :

1° Il n'est pas tenu compte des dispositions qui font mention du jury ou des jurés ;

2° Les dispositions des articles 254 à 267, 282, 288 à 292, 293, alinéas 2 et 3, 295 à 305 ne sont pas applicables ;

3° Pour l'application des articles 359, 360 et 362, les décisions sont prises à la majorité.

Les dispositions de l'article 698-6 ne sont applicables, pour le jugement des crimes de droit commun commis dans l'exécution du service par les militaires, que s'il existe un risque de divulgation d'un secret de la défense nationale.

Lorsque la mise en accusation est prononcée en application de l'article 214, premier alinéa, la chambre de l'instruction constate dans son arrêt, s'il y a lieu, qu'il existe un risque de divulgation d'un secret de la défense nationale et ordonne que la cour d'assises saisie soit composée conformément aux dispositions de l'article 698-6.

Les juridictions compétentes pour juger les infractions prévues par le livre III du code de justice militaire peuvent également prononcer les peines militaires de la destitution et de la perte du grade.