L'Office français de protection des réfugiés et apatrides est administré par un conseil d'administration qui fixe les orientations générales concernant l'activité de l'office et délibère sur les modalités de mise en œuvre des dispositions relatives à l'octroi du statut de réfugié, de la protection subsidiaire et du statut d'apatride. Le conseil d'administration fixe également la liste des pays considérés comme des pays d'origine sûrs dans les conditions prévues à l'article L. 531-25.
Le conseil d'administration comprend :
1° Deux députés et deux sénateurs ;
2° Deux représentants de la France au Parlement européen, une femme et un homme, désignés par décret ;
3° Des représentants de l'Etat ; il s'agit de deux personnalités, un homme et une femme, nommées par le Premier ministre, d'un représentant du ministre de l'intérieur, d'un représentant du ministre chargé de l'asile, du secrétaire général du ministère des affaires étrangères, du directeur des affaires civiles et du sceau au ministère de la justice, d'un représentant du ministre chargé des affaires sociales, d'un représentant du ministre chargé des droits des femmes, d'un représentant du ministre chargé des outre-mer et du directeur du budget au ministère chargé du budget ;
4° Un représentant du personnel de l'office.
Le président du conseil d'administration est nommé parmi ses membres par décret sur proposition du ministre chargé de l'asile.
Le délégué du haut-commissaire des Nations unies pour les réfugiés ainsi que trois personnalités qualifiées nommées par décret assistent aux séances du conseil d'administration et peuvent y présenter leurs observations et leurs propositions. Au moins l'une de ces trois personnalités qualifiées représente les organismes participant à l'accueil et à la prise en charge des demandeurs d'asile et des réfugiés. Les personnalités qualifiées ont voix délibérative concernant la détermination de la liste des pays considérés comme des pays d'origine sûrs.

L'Office français de protection des réfugiés et apatrides ainsi est géré par un directeur général nommé par décret, sur proposition conjointe du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé de l'asile.

Les locaux de l'Office français de protection des réfugiés et apatrides ainsi que ses archives et, d'une façon générale, tous les documents lui appartenant ou détenus par lui sont inviolables.
A l'expiration de leur période d'administration courante par l'office, les dossiers des demandeurs d'asile dont la demande aura été définitivement rejetée sont confiés à la garde des services du ministre chargé de l'asile. Seules les personnes autorisées par le directeur général de l'office y ont accès. Ces archives ne peuvent être librement consultées qu'à l'issue des délais prévus à l'article L. 213-2 du code du patrimoine.

Les dépenses de l'Office français de protection des réfugiés et apatrides sont couvertes par une subvention de l'Etat.