Les fonctions d'agent comptable, chef des services de la comptabilité, sont confiées soit à un comptable direct du Trésor, soit à un comptable spécial. Le comptable spécial est nommé par le préfet sur proposition du conseil d'administration, après avis du trésorier-payeur général. Il ne peut être remplacé ou révoqué que dans les mêmes formes.

L'agent comptable peut, sous sa responsabilité, déléguer sa signature à un ou plusieurs agents qu'il constitue ses fondés de pouvoir par une procuration régulière.

L'agent comptable assure le fonctionnement des services de la comptabilité avec l'aide du personnel nécessaire.

Il est soumis, sous sa responsabilité personnelle et pécuniaire, à l'ensemble des obligations qui incombent aux comptables publics en vertu du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique. L'agent comptable est placé sous l'autorité du directeur, sauf pour les actes qu'il accomplit sous sa responsabilité propre en tant que comptable public.

L'agent comptable tient la comptabilité générale ainsi que, le cas échéant et sous l'autorité du directeur, la comptabilité analytique.

Le directeur peut, avec l'agrément du conseil d'administration et sur avis conforme de l'agent comptable, créer des régies de recettes et des régies d'avances soumises aux conditions de fonctionnement prévues aux articles 3 à 14 du décret n° 64-486 du 28 mai 1964 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

L'agent comptable de la régie est soumis au contrôle de l'inspection générale des finances et du trésorier-payeur général ou du receveur particulier des finances.

Le préfet reçoit en communication les rapports de contrôle des membres de l'inspection générale des finances, du trésorier-payeur général ou du receveur particulier des finances. Il peut faire contrôler les opérations et les écritures de la régie par un délégué qu'il désigne à cet effet.