Les infractions relevant de la compétence des juridictions mentionnées aux articles 697 et 697-4 sont poursuivies, instruites et jugées selon les règles du présent code, sous réserve des dispositions particulières des articles 698-1 à 698-9 et, s'agissant des infractions commises hors du territoire de la République, des dispositions particulières du code de justice militaire.

Toutefois, le procureur de la République compétent en application de l'article 43 a qualité pour accomplir ou faire accomplir les actes nécessités par l'urgence et requérir à cet effet le juge d'instruction de son siège. Les dispositions des articles 698-1 à 698-5 sont alors applicables.

Sans préjudice de l'application de l'article 36, l'action publique est mise en mouvement par le procureur de la République territorialement compétent, qui apprécie la suite à donner aux faits portés à sa connaissance, notamment par la dénonciation du ministre chargé de la défense ou de l'autorité militaire habilitée par lui. A défaut de cette dénonciation, le procureur de la République doit demander préalablement à tout acte de poursuite, y compris en cas de réquisitoire contre personne non dénommée, de réquisitoire supplétif ou de réquisitions faisant suite à une plainte avec constitution de partie civile, sauf en cas de crime ou de délit flagrant, l'avis du ministre chargé de la défense ou de l'autorité militaire habilitée par lui. Hormis le cas d'urgence, cet avis est donné dans le délai d'un mois. L'avis est demandé par tout moyen dont il est fait mention au dossier de la procédure.

La dénonciation ou l'avis figure au dossier de la procédure, à peine de nullité, sauf si cet avis n'a pas été formulé dans le délai précité ou en cas d'urgence.

L'autorité militaire visée au premier alinéa du présent article est habilitée par arrêté du ministre chargé de la défense.

L'action civile en réparation du dommage causé par l'une des infractions mentionnées au premier alinéa des articles 697-1 ou 697-4 appartient à ceux qui ont personnellement souffert du dommage directement causé par l'infraction. L'action publique peut être mise en mouvement par la partie lésée dans les conditions déterminées aux articles 85 et suivants.

Toutefois, l'action publique ne peut être mise en mouvement que par le procureur de la République lorsqu'il s'agit de faits commis dans l'accomplissement de sa mission par un militaire engagé dans le cadre d'une opération mobilisant des capacités militaires, se déroulant à l'extérieur du territoire français ou des eaux territoriales françaises, quels que soient son objet, sa durée ou son ampleur, y compris la libération d'otages, l'évacuation de ressortissants ou la police en haute mer.

Lorsque le procureur de la République, le juge d'instruction et les officiers de police judiciaire sont amenés, soit à constater des infractions dans les établissements militaires, soit à rechercher, en ces mêmes lieux, des personnes ou des objets relatifs à ces infractions, ils doivent adresser à l'autorité militaire des réquisitions tendant à obtenir l'entrée dans ces établissements.

Les réquisitions doivent, sauf nécessité, préciser la nature et les motifs des investigations jugées nécessaires. L'autorité militaire est tenue de s'y soumettre et se fait représenter aux opérations.

Le procureur de la République, le juge d'instruction et les officiers de police judiciaire veillent, en liaison avec le représentant qualifié de l'autorité militaire, au respect des prescriptions relatives au secret militaire. Le représentant de l'autorité militaire est tenu au respect du secret de l'enquête et de l'instruction.

Les supérieurs hiérarchiques doivent satisfaire à la demande des officiers de police judiciaire tendant à mettre à leur disposition un militaire en activité de service, lorsque soit les nécessités de l'enquête, soit l'exécution d'une commission rogatoire ou d'un mandat de justice exigent cette mesure.

Les articles L. 123-1 à L. 123-5, L. 211-12, L. 211-13, L. 211-22, L. 211-24, L. 221-3, L. 261-6, L. 262-2, L. 264-3, L. 264-5, L. 265-1, L. 265-3, L. 266-2, L. 267-1, L. 267-2, L. 268-2 et le deuxième alinéa de l'article L. 311-2 du code de justice militaire sont applicables. Conformément à l'article L. 211-21 du même code, la personne mise en examen, le prévenu ou le condamné militaire doit être détenu dans des locaux séparés.

Par dérogation aux dispositions du titre Ier du livre II, notamment aux articles 240 et 248, premier alinéa, et sous réserve des dispositions de l'article 698-7, la cour d'assises prévue par les articles 697 et 697-4 est composée d'un président et, lorsqu'elle statue en premier ressort, de quatre assesseurs, ou lorsqu'elle statue en appel, de six assesseurs. Ces assesseurs sont désignés comme il est dit aux alinéas 2 et 3 de l'article 248 et aux articles 249 à 253. Le premier président de la cour d'appel peut désigner, lorsque la cour d'assises statue en premier ressort, deux assesseurs au plus, parmi les magistrats exerçant à titre temporaire ou les magistrats honoraires exerçant des fonctions juridictionnelles dans les conditions prévues à la section II du chapitre V bis de l'ordonnance n° 58-1270 du 22 décembre 1958 portant loi organique relative au statut de la magistrature. Lorsqu'elle statue en appel, il peut désigner trois assesseurs au plus, parmi les magistrats honoraires exerçant des fonctions juridictionnelles dans les conditions prévues à la même section II.

La cour ainsi composée applique les dispositions du titre Ier du livre II sous les réserves suivantes :

1° Il n'est pas tenu compte des dispositions qui font mention du jury ou des jurés ;

2° Les dispositions des articles 254 à 267,282,288 à 292,293, alinéas 2 et 3,295 à 305 ne sont pas applicables ;

3° Pour l'application des articles 359,360 et 362, les décisions sont prises à la majorité.

Les deux derniers alinéas de l'article 347 ne sont pas applicables et la cour d'assises peut délibérer en étant en possession de l'entier dossier de la procédure.

Par dérogation aux dispositions du deuxième alinéa de l'article 380-1, en cas d'appel d'une décision d'une cour d'assises composée comme il est dit au présent article, la chambre criminelle de la Cour de cassation peut désigner la même cour d'assises, autrement composée, pour connaître de l'appel.

Les dispositions de l'article 698-6 ne sont applicables, pour le jugement des crimes de droit commun commis dans l'exécution du service par les militaires, que s'il existe un risque de divulgation d'un secret de la défense nationale.

Lorsque la mise en accusation est prononcée en application de l'article 214, premier alinéa, la chambre de l'instruction constate dans son arrêt, s'il y a lieu, qu'il existe un risque de divulgation d'un secret de la défense nationale et ordonne que la cour d'assises saisie soit composée conformément aux dispositions de l'article 698-6.

Les juridictions compétentes pour juger les infractions prévues par le livre III du code de justice militaire peuvent également prononcer les peines militaires de la destitution et de la perte du grade.

Les juridictions de jugement mentionnées aux articles 697 et 697-5 peuvent, en constatant dans leur décision que la publicité risque d'entraîner la divulgation d'un secret de la défense nationale, ordonner, par décision rendue en audience publique, que les débats auront lieu à huis clos. Lorsque le huis clos a été ordonné, celui-ci s'applique au prononcé des jugements séparés qui peuvent intervenir sur des incidents ou exceptions.

La décision au fond est toujours prononcée en audience publique.