L'Ecole polytechnique constitue un établissement public doté de la personnalité civile et de l'autonomie financière, placé sous la tutelle du ministre chargé de la défense.

L'administration de l'école est assurée par un conseil d'administration et le président de ce conseil. Un officier général assure, sous l'autorité du président du conseil d'administration, la direction générale et le commandement militaire de l'école.

Un décret en Conseil d'Etat précise la répartition des pouvoirs et des responsabilités entre le conseil d'administration et son président. Il fixe également les règles relatives à l'organisation et au régime administratif et financier de l'école, qui est soumise, sauf dérogation prévue par le même décret, aux dispositions réglementaires concernant l'administration et le contrôle financier des établissements publics à caractère administratif dotés de l'autonomie financière.