En application du 2° de l'article D. 314-76, le conseil d'administration définit les zones territoriales dans lesquelles sont mises en œuvre les actions du Réseau Canopé au niveau local.

Chaque zone est dirigée par un directeur territorial qui y déploie la stratégie nationale du Réseau Canopé. Le directeur territorial met en œuvre des actions et des services dans les domaines d'expertise du Réseau Canopé, dans le cadre des politiques académiques ou régionales arrêtées par le ou les recteurs concernés. Il peut être assisté dans ses fonctions par un ou plusieurs directeurs territoriaux adjoints nommés par le directeur général.

Les directions territoriales concourent à l'accomplissement des missions définies à l'article D. 314-71 et interviennent dans le cadre des politiques académiques ou régionales définies par le ou les recteurs concernés.

Il est créé au sein de chaque région académique un comité régional Canopé, présidé par le recteur de région académique, qui se réunit au moins deux fois par an.

Dans le cadre du projet régional et des projets académiques définis par les recteurs concernés, notamment dans les domaines de l'innovation pédagogique, du numérique éducatif, de la formation des enseignants, de la politique documentaire et de l'éducation artistique et culturelle, le comité académique Canopé identifie les axes d'accompagnement et de valorisation des pratiques pédagogiques des enseignants qui seront développés conjointement avec le Réseau Canopé.

Chaque comité est constitué de dix membres au plus, issus de chacune des académies de la région, nommés par le recteur de région académique sur proposition des recteurs d'académie concernés. Un représentant du Réseau Canopé, désigné par le directeur général, participe au comité. Il peut être accompagné par toute personne appartenant à la direction territoriale compétente.

Une convention triennale précisant les actions et les services d'accompagnement de la politique académique ou régionale par la direction territoriale du Réseau Canopé est conclue entre l'académie ou la région académique et le Réseau Canopé. L'exécution de cette convention est évaluée et, le cas échéant, révisée annuellement par le comité. Un rapport d'activité territorial annuel est présenté au comité régional Canopé par le directeur territorial du Réseau Canopé compétent. L'ensemble des conventions et rapports d'activité est annexé au rapport d'activité annuel du Réseau Canopé voté par le conseil d'administration.