Le préfet procède à l'instruction de la demande et consulte les services locaux représentant les départements ministériels intéressés.

Lorsque l'agrément de l'association est sollicité au titre de l'article L. 160-1 du code de l'urbanisme ou au titre de l'article L. 252-1, le préfet recueille également l'avis du procureur général près de la cour d'appel dans le ressort de laquelle l'association a son siège social.

Lorsque l'agrément de l'association est sollicité au titre de l'article L. 121-8 du code de l'urbanisme ou, dans un cadre communal ou intercommunal, au titre de l'article L. 160-1 du même code ou de l'article L. 252-1 du présent code, le préfet recueille l'avis du maire de la commune où l'association a son siège social. S'il existe un établissement public groupant plusieurs communes et ayant compétence en matière d'urbanisme, ou dont les activités ont des incidences directes sur l'environnement, le préfet recueille, outre l'avis du maire, celui du président de cet établissement, s'il est autre que le maire.

Les personnes consultées en application de l'article R. 252-10 doivent faire connaître au préfet leur avis dans un délai de deux mois. Faute de réponse dans ce délai, leur avis est réputé favorable.

Lorsqu'il n'est pas l'autorité compétente pour statuer sur la demande, le préfet transmet le dossier, avec son avis, au ministre chargé de la protection de la nature et au ministre chargé de l'urbanisme.