Dans chaque caisse régionale ou union, un commissaire aux comptes est élu par l'assemblée générale pour une durée de trois exercices. Il doit être choisi sur la liste des commissaires de sociétés prévue à l'article L. 822-1 du code de commerce et conformément aux dispositions de l'article L. 511-38. Son mandat est renouvelable.

Le commissaire aux comptes certifie, sous sa responsabilité, la régularité et la sincérité du compte d'exploitation générale, du compte de pertes et profits et du bilan.

Il a pour mission permanente de vérifier les livres et de contrôler la régularité et la sincérité des informations données aux sociétaires. Il dresse un rapport annuel qui est porté à la connaissance du conseil d'administration et du directeur avant d'être présenté à l'assemblée générale. Il est convoqué à la réunion du conseil d'administration, qui arrête les comptes de l'exercice écoulé, ainsi qu'à toutes les assemblées générales.