Le schéma directeur de la région d'Ile-de-France peut être modifié, à l'initiative du président du conseil régional, lorsque les changements envisagés n'ont pas pour effet de porter atteinte à son économie générale.

Les modifications envisagées sont soumises pour avis à l'autorité administrative compétente de l'Etat et aux collectivités territoriales, établissements publics et organismes énumérés aux 1° à 5° de l'article L. 123-8.

La procédure de modification fait l'objet d'une concertation associant les habitants, les associations locales et les autres personnes concernées.
Les modalités de la concertation permettent au public, pendant une durée suffisante et selon des moyens adaptés au regard des caractéristiques des modifications, d'accéder aux informations relatives aux modifications envisagées et aux avis requis précités et de formuler des observations et des propositions qui sont enregistrées et conservées par le conseil régional.
Le projet de modification et les avis précités sont mis à la disposition du public par voie électronique pendant au moins deux mois. Un bilan de cette mise à disposition est présenté au conseil régional, qui délibère sur le projet de modification et le transmet à l'autorité administrative compétente de l'Etat pour approbation.

Lorsque l'autorité administrative compétente de l'Etat estime ne pas pouvoir approuver en l'état le projet arrêté de modification du schéma, il le notifie au conseil régional par une décision motivée et lui renvoie le projet, dans les trois mois suivant sa transmission, afin qu'y soient apportées les modifications nécessaires.