Dans chaque bassin ou groupement de bassins hydrographiques visé à l'article L. 212-1, il est créé un comité de bassin constitué :

1° Pour 40 %, d'un premier collège composé d'un député et d'un sénateur ainsi que, pour chacun d'eux, un suppléant ayant la même qualité de député ou de sénateur, de représentants des conseils départementaux et régionaux et, majoritairement, de représentants des communes ou de groupements de collectivités territoriales compétents dans le domaine de l'eau ;

2° Pour 20 %, d'un deuxième collège composé de représentants des usagers non économiques de l'eau, des milieux aquatiques, des milieux marins et de la biodiversité, des associations agréées de protection de l'environnement et de défense des consommateurs et des instances représentatives de la pêche ainsi que de personnalités qualifiées ;

2° bis Pour 20 %, d'un troisième collège composé de représentants des usagers économiques de l'eau, des milieux aquatiques, des milieux marins et de la biodiversité ainsi que des organisations professionnelles ;

3° Pour 20 %, d'un quatrième collège composé de représentants de l'Etat ou de ses établissements publics concernés.

Au sein des collèges mentionnés aux 1°, 2° et 2° bis, lorsqu'un organisme est appelé à désigner plusieurs représentants au comité de bassin, il procède à ces désignations de telle sorte que l'écart entre, d'une part, le nombre des hommes désignés et, d'autre part, le nombre de femmes désignées ne soit pas supérieur à un.

Le président est élu par les représentants des trois premiers collèges. Chacun des deuxième et troisième collèges mentionnés aux 2° et 2° bis élit un vice-président en son sein.

Le comité de bassin est consulté sur l'opportunité des actions significatives d'intérêt commun au bassin envisagées et, plus généralement, sur toutes les questions faisant l'objet des chapitres Ier à VII du présent titre.

Il définit les orientations de l'action de l'agence de l'eau et participe, dans les conditions fixées à l'article L. 213-9-1, à l'élaboration des décisions financières de cette agence. A cette fin, les représentants de l'Etat dans chacun des départements constituant le bassin présentent au comité de bassin, pour chacun des départements concernés et une fois tous les trois ans, les priorités de l'Etat et les projets significatifs de l'Etat et des collectivités territoriales dans les domaines de compétence de l'agence. Lorsque l'agence de l'eau intervient sur des territoires situés en montagne, le comité veille à ce que soient pris en compte les surcoûts liés aux spécificités de la montagne dans l'élaboration des décisions financières de l'agence.

Les membres des quatre collèges visés ci-dessus représentant un sous-bassin peuvent se constituer en commission territoriale. Elle a pour mission de proposer au comité de bassin les priorités d'actions nécessaires à ce sous-bassin et de veiller à l'application de ces propositions.

Dans chaque bassin ou groupement de bassins visé à l'article L. 212-1, une agence de l'eau, établissement public de l'Etat à caractère administratif, met en œuvre les schémas visés aux articles L. 212-1 et L. 212-3, en favorisant une gestion équilibrée et durable de la ressource en eau et des milieux aquatiques, l'alimentation en eau potable, la régulation des crues et le développement durable des activités économiques. Elle peut contribuer à la connaissance, à la protection et à la préservation de la biodiversité terrestre et marine ainsi que du milieu marin, en particulier dans le cadre de la mise en œuvre de la stratégie nationale et des stratégies régionales pour la biodiversité mentionnées à l'article L. 110-3 ainsi que du plan d'action pour le milieu marin mentionné à l'article L. 219-9.

L'agence de l'eau est administrée par un conseil d'administration composé :

1° Du préfet coordonnateur de bassin où l'agence a son siège, qui préside le conseil d'administration ;

2° De représentants désignés par les personnes visées au 1° de l'article L. 213-8 en leur sein ;

3° De représentants désignés par les personnes mentionnées au 2° de l'article L. 213-8 en leur sein ;

3° bis De représentants désignés par les personnes mentionnées au 2° bis de l'article L. 213-8 en leur sein ;

4° De représentants de l'Etat ou de ses établissements publics ;

5° D'un représentant du personnel de l'agence.

Les catégories mentionnées aux 2° et 4° du présent article disposent d'un nombre égal de sièges. Les catégories mentionnées aux 3° et 3° bis disposent d'un nombre égal de sièges ; le total de leur nombre de sièges et d'un siège supplémentaire attribué à une personnalité qualifiée désignée par lesdites catégories est égal au nombre de sièges de chacune des catégories mentionnées aux 2° et 4°.

Les élections des représentants mentionnés au 2° et les désignations de ceux mentionnés aux 3° et 3° bis sont organisées de telle sorte que l'écart, au sein de chaque catégorie d'administrateurs, entre, d'une part, le nombre des hommes à nommer et, d'autre part, le nombre des femmes à nommer ne soit pas supérieur à un.

Un décret en Conseil d'Etat fixe les conditions d'application du présent article.

L'agence de l'eau mène, outre les missions définies à l'article L. 213-8-1, une politique foncière de sauvegarde des zones humides approuvée par le comité de bassin.

A ce titre, elle peut attribuer des aides à l'acquisition par des conservatoires régionaux d'espaces naturels, par des collectivités territoriales, leurs groupements ou des établissements publics de parcelles composant ces zones.

L'agence de l'eau peut acquérir ou faire acquérir des parcelles dans les zones humides à des fins de lutte contre l'artificialisation des sols et de valorisation, notamment agricole.

Sur les terrains admissibles au régime de paiement unique au titre de l'article 33 du règlement (CE) n° 73/2009 du Conseil du 19 janvier 2009 établissant des règles communes pour les régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs dans le cadre de la politique agricole commune et établissant certains régimes de soutien en faveur des agriculteurs, modifiant les règlements (CE) n° 1290/2005, (CE) n° 247/2006 et (CE) n° 378/2007, et abrogeant le règlement (CE) n° 1782/2003, ces acquisitions sont réalisées par le biais du droit de préemption des sociétés d'aménagement foncier et d'établissement rural visé à l'article L. 143-1 du code rural et de la pêche maritime sur proposition de l'agence de l'eau.

Sur les autres terrains, ces acquisitions sont réalisées par l'agence de l'eau dans les conditions prévues pour les acquisitions du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres par les articles L. 322-3 à L. 322-6, L. 322-7 et L. 322-8 du présent code. L'agence de l'eau peut déléguer la mise en œuvre du droit de préemption mentionné à l'article L. 322-4 à une société d'aménagement foncier et d'établissement rural. Ces acquisitions ne peuvent toutefois porter sur des parcelles situées dans le champ d'intervention du conservatoire, tel que défini aux I et III de l'article L. 322-1.

Si les parcelles acquises par l'agence de l'eau font l'objet d'un bail à ferme, le preneur ne peut faire usage des possibilités qui lui sont ouvertes par l'article L. 411-29 du code rural et de la pêche maritime qu'après en avoir averti l'agence et, le cas échéant, la collectivité ou l'organisme auquel elle en a confié la gestion, au plus tard un mois avant la date prévue pour cette opération, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception. Le preneur notifie sans délai à l'agence de l'eau ou au gestionnaire toute demande d'autorisation ou toute déclaration faite en application des articles L. 214-2 et L. 214-3 du présent code portant sur les parcelles en cause.

Lors du renouvellement du bail, l'agence de l'eau peut proposer au fermier des clauses tendant à la conservation du caractère humide des parcelles ainsi acquises. Le renouvellement du bail peut être refusé si tout ou partie de ces clauses ne sont pas acceptées. En ce cas, le fermier a droit à une indemnité à hauteur du préjudice qu'il subit.

Chaque conseil d'administration met en place une commission des aides, qui se prononce sur l'attribution des aides financières attribuées par l'agence de l'eau.

Cette commission est composée de représentants des différents collèges siégeant au conseil d'administration. Ses délibérations et décisions sont rendues publiques.

Afin de prévenir les conflits d'intérêts, l'exercice de la fonction de membre du conseil d'administration d'une agence de l'eau est soumis à des règles de déontologie.

Les membres du conseil d'administration de l'agence de l'eau fournissent une déclaration publique d'intérêts.