SNCF Mobilités est soumis en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales.

Il tient sa comptabilité conformément au plan comptable général.

Il développe une comptabilité permettant notamment d'apprécier les coûts économiques réels relatifs aux missions qui lui sont confiées respectivement par l'Etat et par les collectivités territoriales.

L'activité de transport de personnes de SNCF Mobilités en Ile-de-France est identifiée dans les comptes d'exploitation, dans les conditions prévues par les conventions conclues avec le Syndicat des transports d'Ile-de-France.

L'activité de transport de personnes de SNCF Mobilités , hors région d'Ile-de-France, est identifiée dans les comptes d'exploitation pour chaque convention conclue avec une autorité organisatrice de transport.

Dans les conditions fixées par chaque convention d'exploitation, SNCF Mobilités transmet chaque année, avant le 30 juin, à l'autorité organisatrice de transport un rapport indiquant notamment les comptes d'exploitation retraçant la totalité des opérations afférentes à l'exécution de la convention correspondante sur l'année civile précédente, les comptes détaillés ligne par ligne selon une décomposition par ligne définie par chaque autorité organisatrice de transport, une analyse de la qualité du service et une annexe permettant à l'autorité organisatrice d'apprécier les conditions d'exploitation du transport régional de voyageurs. Toutes les pièces justificatives des éléments de ce rapport sont tenues à la disposition de l'autorité organisatrice de transport intéressée dans le cadre de son droit de contrôle.

Un décret fixe le contenu du rapport annuel.

La gestion des filiales créées ou acquises par SNCF Mobilités est autonome au plan financier dans le cadre des objectifs du groupe qu'il constitue avec elles.

Ces filiales ne peuvent recevoir les concours financiers de l'Etat prévus par l'article L. 2141-19.