A l'exception des dispositions du chapitre III du présent titre autres que celles des articles L. 5313-11 et L. 5313-12, les règles applicables aux ports autonomes maritimes s'appliquent aux grands ports maritimes pour autant qu'il n'y est pas dérogé par des dispositions spéciales.
Le président du directoire du grand port maritime exerce les attributions dévolues au directeur du port autonome maritime.

Lorsqu'un grand port maritime ou un grand port fluvio-maritime est substitué à un port maritime ou à un port fluvial relevant de l'Etat, l'Etat et, le cas échéant, le port autonome ou l'établissement public délégataire lui remettent les biens immeubles et meubles nécessaires à l'exercice de ses missions autres que ceux relevant du domaine public maritime naturel et du domaine public fluvial naturel. Cette remise est gratuite et ne donne lieu à paiement d'aucune indemnité, ni d'aucun droit, taxe, salaire ou honoraires.

Le grand port maritime ou fluvio-maritime est substitué de plein droit à l'Etat et, le cas échéant, au port autonome ou à l'établissement public délégataire, dans tous les droits et obligations attachés aux biens remis et aux activités transférées, en particulier dans le service des emprunts contractés par le port autonome ou le délégataire pour le financement de l'activité déléguée et de ses participations aux travaux maritimes.

Lorsqu'un grand port maritime est substitué à un port autonome :
1° Le conseil d'administration exerce les compétences dévolues au conseil de surveillance, et le directeur du port celles dévolues au directoire jusqu'à la mise en place des organes correspondants et pendant un délai qui ne saurait excéder trois mois à compter de la substitution ;
2° Jusqu'à la tenue des élections prévues au chapitre II du titre II de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public et pendant un délai qui ne saurait excéder six mois à compter de la substitution, siègent au conseil de surveillance en qualité de représentants du personnel trois membres désignés sur proposition des organisations syndicales représentatives.

Lorsqu'un grand port fluvio-maritime est substitué à un port fluvial, un décret en Conseil d'Etat pris après enquête publique peut, pour le secteur fluvial, prononcer la substitution de cet établissement public à des collectivités territoriales ou établissements publics concessionnaires d'outillage portuaire à l'intérieur de sa circonscription.

Le concessionnaire lui remet gratuitement les terrains, immeubles et outillages compris dans sa concession, les matériels et approvisionnements nécessaires à la gestion de cette concession, ainsi que tous les éléments d'activité détenus par lui au titre de la concession.

Dans le cas d'une telle substitution, le personnel des concessions d'outillage pris en charge par le grand port fluvio-maritime est intégré selon une procédure fixée par décret en Conseil d'Etat. Les garanties dont bénéficiait chacun de ces agents au moment de son intégration, en ce qui concerne les conditions d'emploi, de rémunération et de retraite, sont préservées.

Lorsqu'un grand port fluvio-maritime est substitué à un grand port maritime ou à un port autonome, s'il cède des biens immobiliers de l'Etat qui avaient été initialement remis en pleine propriété aux ports auxquels il s'est substitué ou qui lui ont été remis directement, il reverse à l'Etat 50 % de la différence existant entre, d'une part, le produit de cette vente et, d'autre part, la valeur actualisée de ces biens à la date de ces transferts, majorée des investissements réalisés dans ces biens.

Des décrets en Conseil d'Etat déterminent les modalités d'application du présent chapitre. Ils définissent notamment la composition du conseil de développement, les modalités de désignation de ses membres et ses règles de fonctionnement. Ils fixent les modalités d'élaboration et de révision du projet stratégique et précisent son contenu.