L'institut est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret. La durée de son mandat est de trois ans renouvelable une fois.

Le directeur est nommé par décret.
Il est assisté par deux directeurs adjoints, nommés par décret. Le directeur et un directeur adjoint sont choisis parmi les membres des corps recrutés par la voie de l'Ecole nationale d'administration ou les membres des corps de niveau équivalent ou les agents contractuels de haut niveau justifiant d'une expérience professionnelle d'au moins huit années.
L'autre directeur adjoint est choisi parmi les magistrats de l'ordre judiciaire.
Le directeur dispose de conseillers mis à disposition par les ministres représentés au conseil d'administration.

Le conseil d'administration comprend, outre son président, vingt-neuf membres :
1° Le secrétaire général de la défense et de la sécurité nationale ;
2° Un député et un sénateur ;
3° Un membre du Conseil supérieur de la formation et de la recherche stratégiques proposé par le président de son conseil d'administration ;
4° Un maire proposé par l'Association des maires de France ;
5° Douze représentants de l'Etat proposés par les ministres concernés :
a) Trois représentants proposés par le ministre de l'intérieur ;
b) Deux représentants proposés par le ministre de la justice ;
c) Un représentant proposé par le ministre de la défense ;
d) Un représentant proposé conjointement par les ministres chargés de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche ;
e) Un représentant proposé par le ministre des affaires étrangères ;
f) Un représentant proposé par le ministre chargé de l'environnement ;
g) Un représentant proposé par le ministre chargé de l'économie ;
h) Un représentant proposé par le ministre chargé de la santé ;
i) Un représentant proposé par le ministre chargé de la ville ;
6° Le directeur de l'Institut des hautes études de défense nationale ;
7° Sept personnalités qualifiées en raison de leurs compétences en matière de sécurité ou de justice :
a) Deux personnalités proposées par le ministre de l'intérieur ;
b) Une personnalité proposée par le ministre de la justice ;
c) Une personnalité proposée par le ministre de la défense ;
d) Une personnalité proposée par le ministre des affaires étrangères ;
e) Un responsable d'entreprise proposé par le ministre chargé de l'économie ;
f) Une personnalité proposée par le secrétaire général de la défense et de la sécurité nationale ;
8° Deux auditeurs, ayant satisfait aux obligations des sessions, désignés par les associations d'auditeurs ;
9° Deux représentants du personnel, élus selon les modalités fixées par arrêté du Premier ministre.
Les membres du conseil d'administration peuvent se faire représenter en cas d'empêchement.

Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 3° à 5° et aux 7° à 9° de l'article D. 123-18 sont nommés pour une durée de trois ans par arrêté du Premier ministre. Le mandat des membres autres que ceux désignés aux 1°, 2° et 6° du même article est renouvelable une fois.
En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, il est immédiatement pourvu au remplacement dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir de la personne remplacée. Ce mandat partiel peut être suivi d'un mandat de trois ans renouvelable une fois.

Les fonctions de président et de membre du conseil d'administration ne comportent aucune indemnité.
Les frais de déplacement et de séjour pour assister aux séances du conseil d'administration sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le directeur de l'institut, les directeurs adjoints, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable de l'institut assistent aux réunions du conseil d'administration avec voix consultative.

Le président du conseil d'administration peut appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont la présence lui paraît utile.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président, qui propose l'ordre du jour.
Il est réuni, le cas échéant, par le président à la demande du Premier ministre ou des deux tiers de ses membres sur un ordre du jour déterminé.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée.
Sont réputés présents les membres participant à la réunion du conseil par des moyens de visioconférence ou de communication électronique permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale.
Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Les délibérations du conseil sont adoptées à la majorité des membres présents ou réputés présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le conseil d'administration délibère sur les orientations générales de l'activité et de la gestion de l'établissement.
Il délibère notamment sur :
1° Le règlement intérieur du conseil d'administration ;
2° Le budget et ses décisions modificatives ;
3° Le compte financier et l'affectation du résultat ;
4° L'acceptation des dons et des legs ;
5° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ;
6° Le tarif des redevances et rémunérations de toutes natures dues à l'établissement et, notamment, les contributions financières des auditeurs aux actions de formation ;
7° Les règles générales de passation des contrats et conventions ;
8° La prise de participations financières, la création de filiales, la participation à des groupements d'intérêt public ou à toutes formes de groupement public ou privé ;
9° Les programmes d'étude et de recherche ;
10° Les mesures à prendre en matière de propriété intellectuelle et de propriété industrielle ;
11° Les conditions de recrutement et d'emploi des personnels contractuels ;
12° Les actions en justice et mesures gracieuses ;
13° Le recours à la transaction.
D'une façon générale, il donne son avis sur toute question qui lui est soumise par son président. Il adresse chaque année au Premier ministre et au Conseil supérieur de la formation et de la recherche stratégiques un rapport sur l'activité et le fonctionnement de l'institut, dans lequel il peut faire des recommandations tendant à promouvoir les enseignements et à orienter les études et les recherches.
A l'exception des domaines définis aux 1°, 2°, 3° et 5° du présent article, le conseil d'administration peut déléguer une partie de ses pouvoirs au directeur de l'institut. Celui-ci rend compte de ses décisions prises dans ce cadre au conseil d'administration.

Il est établi un procès-verbal de chaque séance du conseil d'administration, signé par le président de séance et par un administrateur.
Le procès-verbal est adressé aux membres du conseil d'administration dans le mois qui suit la séance.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires, à défaut d'approbation expresse, à l'expiration d'un délai de trente jours à compter de la date de réception du procès-verbal par l'autorité de tutelle.

Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le directeur dirige l'institut dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration.
Il exerce les compétences qui ne sont pas attribuées à une autre autorité par la présente section et, notamment :
1° Arrête l'organisation, le règlement intérieur et les règles de fonctionnement de l'institut ;
2° Prépare et exécute les décisions du conseil d'administration ;
3° Prépare et exécute le budget de l'institut ;
4° Représente l'institut en justice et dans les actes de la vie civile ;
5° Est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
6° Assure la passation de tous actes, baux, contrats, conventions ou marchés et en rend compte au conseil d'administration ;
7° Assure le secrétariat du conseil d'administration ;
8° Elabore le règlement intérieur du conseil d'administration ;
9° A autorité sur l'ensemble des personnes suivant les différents cycles de formation ;
10° Exerce le pouvoir hiérarchique sur les personnels affectés à l'institut et le pouvoir disciplinaire à l'égard des agents recrutés par contrat au titre de l'institut ;
11° Pourvoit aux emplois et fonctions de l'institut ;
12° Prépare et soumet au conseil d'administration les projets de recommandations tendant à promouvoir les enseignements et à orienter les études et les recherches ;
13° Organise la mutualisation des moyens avec d'autres organismes chargés de la diffusion des savoirs en matière de défense et de sécurité.
Le directeur peut déléguer sa signature.
Il assiste aux séances du comité scientifique.

L'institut comprend en son sein un comité scientifique, composé de quatre collèges, compétents en matière de formation, d'études, de recherche, de veille et d'analyse stratégique et concernant les questions :
1° De sécurité du territoire, incluant la sécurité intérieure et la sécurité civile, sanitaire et environnementale ;
2° De sécurité économique ;
3° De gestion de crise ;
4° De justice et de droit.
Chaque collège est composé de neuf personnalités nommées par arrêté du Premier ministre, sur proposition du conseil d'administration de l'institut, pour une durée de cinq ans : experts du monde universitaire et de la recherche et personnalités qualifiées, dont des représentants des professions intéressées.
Le comité scientifique est réuni au moins deux fois par an. Il élit en son sein son président, chargé notamment de la coordination des travaux des collèges.
Le comité scientifique assiste le conseil d'administration et le directeur dans la définition des orientations générales de la politique de formation et de recherche. Il peut associer à ses travaux tout expert dont la présence serait jugée utile.
Le conseil d'administration de l'institut et son directeur sont destinataires des travaux du comité scientifique.