Le commissaire enquêteur et les membres de la commission d'enquête ont droit à une indemnité, à la charge du maître d'ouvrage, qui comprend des vacations et le remboursement des frais qu'ils engagent pour l'accomplissement de leur mission.

Sous réserve des cas où une autre autorité administrative les a désignés, le préfet ayant désigné le commissaire enquêteur ou les membres de la commission d'enquête détermine le nombre de vacations qui leur sont allouées sur la base du nombre d'heures que le commissaire enquêteur ou les membres de la commission déclarent avoir consacrées à l'enquête, en tenant compte des difficultés de l'enquête ainsi que de la nature et de la qualité du travail fourni.
Il arrête, sur justificatifs, le montant des frais qui sont remboursés au commissaire enquêteur ou aux membres de la commission d'enquête.
Il fixe le montant de l'indemnité, par un arrêté qu'il notifie au commissaire enquêteur ou aux membres de la commission d'enquête et au maître d'ouvrage.
Lorsque le projet en vue duquel l'enquête publique est demandée doit se dérouler sur le territoire de plusieurs départements, la détermination de l'indemnisation s'effectue par arrêté conjoint des préfets concernés selon les modalités définies par les alinéas qui précèdent.

Le maître d'ouvrage verse sans délai au commissaire enquêteur ou aux membres de la commission d'enquête le montant de l'indemnité arrêté conformément à l'article R. 134-19.

Un arrêté conjoint des ministres chargés, respectivement, de l'environnement, de l'équipement et du budget et du ministre de l'intérieur fixe les modalités de calcul de l'indemnité.