La cour des comptes juge les comptes et assure le contrôle de la gestion du centre national de la fonction publique territoriale.

Chaque année, avant le 30 septembre, le Centre national de la fonction publique territoriale remet au Parlement un rapport portant sur son activité et sur l'utilisation de ses ressources. Ce rapport présente, notamment, les actions de formation menées, en formations initiale et continue, en matière de déontologie.

Par dérogation aux articles 54 et 56 de la loi n° 82-213 du 2 mars 1982 précitée, le comptable du Centre national de la fonction publique territoriale est un agent comptable nommé par le ministre chargé du budget après information préalable du conseil d'administration. Un décret en Conseil d'Etat fixe le régime financier et comptable du Centre national de la fonction publique territoriale.